De Boomkruiper paart vroeg in het voorjaar, en vangt reeds in het begin van April met den nestbouw aan. Meestal zoekt hij daartoe een boomhol of diepe kloof in een knotwilg of kleine uithollingen in muren, achter de takken van bladrijke klimplanten. Liefst nestelt hij nabij boerderijen of langs straatwegen in bebouwde streken. Het nest is zeer eenvoudig en, naar omstandigheden, namelijk in ruime holen, zeer groot, in kloven daarentegen klein maar hoog. De bouwstoffen zijn meestal dunne plantenvezels, mos, boomschors, koehaar, veêren en spinnewebben of insectenweefsels. De eijeren zijn zeer klein, melkwit, met lichtroode vlekjes aan de stompe zijde, en gelijken zeer veel naar die van de Pimpel, doch zijn gewoonlijk iets langer en smaller. Het aantal eijeren, dat door beide ouden bebroeid wordt, is 6 à 9 bij het eerste, 4 à 7 bij een tweede broeisel. Gewoonlijk blijven de jongen 14 à 18 dagen in het nest, alvorens uit te vliegen; doch ook daarna keeren zij er telkens weder naar terug en slapen er 's nachts in.
Het Boomkruipertje zingt een zeer eenvoudig liedje, eene eenvoudige reeks heldere stacato's, luidende als: „tienk-tienk-tienk-tienk" soms twintigmaal in evenveel seconden herhaald. Op een afstand gehoord, herinnert dit geluid, even als het slaan van de Mees, aan het hameren op een aambeeld. Zijn gewoon geroep gelijkt naar het zachte, slepende „tsie" der Staartmeezen en Goudhaantjes (Regulus), doch onderscheidt zich daarvan door de langere tusschenpoozen; hij neemt namelijk meestal drie seconden rust tusschen elke noot, terwijl Staartmeezen en Goudhaantjes hun „tsie" meer geregeld en schielijk herhalen.
De seksen bieden geen verschil in kleur, doch wel in grootte aan; het mannetje, vooral dat van een eerste broeisel, is namelijk meestal 1 centimeter langer dan het wijfje. De jongen gelijken op de ouden, nadat dezen geruid hebben. Gedurende de eerste maanden zijn de vederen der jongen steeds veel witter en glanziger over het geheele onderlijf; want de ouden dragen dan een bijna versleten vederkleed, dat door het klimmen langs vuile of met stofmos bedekte boomen zeer dof en donker is geworden. Na den ruitijd zien de ouden er veel gunstiger uit; doch reeds binnen eenige weken, als de herfstbuijen invallen, zijn zij weer even graauw en bemorst. Hetzelfde is ook het geval met Spechten, Spechtmeezen en in 't algemeen met alle nabij groote steden levende vogels.
Men kan het Boomkruipertje gemakkelijk vangen, door, vooral 's winters, wanneer de natuur hem geen levend aas meer aanbiedt, levende meelwormen aan lijmstokjes tegen den door hem bezochten boom te bevestigen. Het kan zich zeer